നിലവിൽ നാല് കോഴ്‌സുകളാണ് മലയാളം മിഷൻ നടത്തുന്നത്. മലയാളം മിഷന്റെ പ്രാഥമിക കോഴ്സാണ് കണിക്കൊന്ന. 6 വയസ്സ് പൂര്‍ത്തിയായ ആര്‍ക്കും സര്‍ട്ടിഫിക്കറ്റ് കോഴ്‌സിനു (2 വർഷം) ചേരാം. തുടർന്ന്  ഡിപ്ലോമ (2 വർഷം), ഹയർ ഡിപ്ലോമ (3 വർഷം), സീനിയർ ഹയർ ഡിപ്ലോമ (3 വർഷം) ക്രമാനുക്രമം കോഴ്സ് ചെയ്യാവുന്നതാണ്. ഈ കോഴ്‌സുകൾ പൂർത്തീകരിക്കുമ്പോൾ പത്താംക്ലാസിന്‌ തത്തുല്യമായ നിലവാരത്തിലേക്ക് വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് എത്തിച്ചേരുവാൻ സാധിക്കും. എല്ലാ കോഴ്‌സുകളും സൗജന്യമായാണ് നടത്തുന്നത്.